El joven mando, con el antecedente de haber sido agente del Centro de Investigación y Seguridad Nacional (Cisen) y Coordinador General de Inteligencia de la Policía Federal Preventiva (PFP), prometía acabar con la leyenda negra de la corporación. Su carta de presentación era haber sido uno de los cerebros del llamado "método de mapas", estrategia que llevó a la cárcel a varios líderes de las bandas de secuestradores que asolaron al país por aquellos años. "La PJF tenía un esquema muy malo que no servía a la sociedad, el gran reto es sumar con la sociedad y tener un proyecto de seguridad. "Nosotros debemos dar el ejemplo, ser honestos, honorables, con ética, con valores, porque con la sociedad actualmente estamos muertos", dijo Genaro García Luna cuando sustituyó a la Judicial Federal por la Agencia Federal de Investigación (AFI).
En la década siguiente, García Luna acumuló un poder que lo llevó a convertirse en secretario de Estado y en el intermediario más importante del Gobierno federal con las agencias estadounidenses, en materia de combate al narcotráfico. A partir del 2004, varios de sus hombres de mayor confianza fueron ejecutados, encarcelados o por lo menos señalados en investigaciones de México y Estados Unidos. Casi siempre por vínculos con la organización criminal de Joaquín "El Chapo" Guzmán. PRIMER INDICIO El primer caso que relacionó a los hombres de García Luna con el Cártel de Sinaloa fue el de Domingo González Díaz, director del Centro Mando de Operaciones Especiales de la AFI. El 11 de octubre de 2004 la Subprocuraduría Especializada en Investigación de Delincuencia Organizada (SEIDO) acudió a las oficinas centrales de la AFI para ejecutarle una orden de presentación y localización, pero le dieron el "pitazo" y se dio a la fuga. El texano Javier Martínez Pérez, testigo protegido con el nombre clave "José Rodríguez", un testigo protegido e infiltrado de la DEA, acusó a González de haber recibido en 2003 la suma de 1.5 millones de dólares del capo Arturo Beltrán "El Barbas", en aquel entonces socio de "El Chapo". El 6 de enero de 2007 el testigo protegido fue ejecutado en Reynosa, Tamaulipas, pese a que en teoría estaba bajo protección de los estadounidenses. MUERTOS Y ACUSACIONES El 21 de enero de 2008 el Ejército detuvo en Culiacán a Alfredo Beltrán Leyva "El Mochomo", un evento registrado como el punto de ruptura del Cártel de Sinaloa, pues los Beltrán habrían culpado a "El Chapo" de delatar el paradero del detenido. El evento desató una guerra entre los grupos criminales sinaloenses y fue el telón de fondo de la llamada "Operación Limpieza" que lanzó el Gobierno federal contra los policías y funcionarios que protegían a las facciones criminales en disputa. Pero también fue un momento en que varios de los allegados a García Luna, ya como secretario de Seguridad Pública Federal, fueron ejecutados.
El 1 de mayo de 2008 Roberto Velasco Bravo, inspector del área de operaciones de la Policía Federal, fue asesinado afuera de su casa en la colonia Irrigación. La madrugada del 8 de mayo del mismo año Édgar Eusebio Millán Gómez, jefe provisional de la Policía Federal, ingresó a su departamento de la colonia Guerrero, donde al abrir la puerta lo esperaba un sicario, quien lo asesinó. El 26 de junio del mismo año fue ejecutado Igor Alfredo Labastida Calderón, inspector general de la PF, en la colonia Argentina. En noviembre de 2012 Edgar Valdés Villarreal "La Barbie", operador de los Beltrán Leyva, hizo pública una carta donde afirmó que Millán y Labastida estaban en su nómina, además de otros mandos. Pero también apuntó directamente a García Luna de recibir dinero de su organización criminal desde el sexenio de Vicente Fox. BRAZOS DERECHOS El 19 de octubre de 2008 la Policía Federal irrumpió en una residencia del Desierto de Los Leones, en la Ciudad de México, donde capturó a 24 personas, pero escapó Harold Mauricio Poveda Ortega "El Conejo", enlace de los Beltrán con organizaciones colombianas dedicadas al narcotráfico. Al día siguiente, la SEIDO detuvo en una casa de la zona de Lindavista, también en esta capital, a Jesús Zambada García "El Rey", hermano del capo Ismael "El Mayo" Zambada. Las investigaciones apuntaban que, mientras la Policía Federal protegía a los Zambada y perseguía a los Beltrán, la SEIDO hacía lo propio en sentido contrario. Quienes suministraban la información a las corporaciones eran precisamente sus respectivos patrocinados. Pronto surgieron informaciones que confirmaban esas presunciones. Jesús Zambada Reyes, detenido junto con su padre "El Rey Zambada", decidió colaborar con la SEIDO y en su calidad de testigo protegido -Rambo III, le llamaron- señaló que su protector era Édgar Enrique Bayardo del Villar, un comandante de la División Antidrogas de la Policía Federal. El 22 de octubre de 2008 el comandante fue detenido, pero también le dieron el beneficio de testigo protegido y señaló a Garay de cometer todo tipo de abusos, robos, torturas y hasta una orgía con prostitutas en el operativo del Desierto de los Leones. DIRECTORIOS El 29 de mayo de 2009 el Ejército detuvo en Culiacán a Roberto Beltrán Burgos "El Doctor", a quien en en primer momento se acusó de ser operador de "El Chapo" Guzmán en Sinaloa. Le fueron asegurados los directorios telefónicos de la Secretaría de Seguridad Pública federal y los planes de reubicación de sus Fuerzas Federales de Apoyo (FFA), documentos que tienen el carácter de confidencial.
En los directorios estaban los radios Nextel de los principales mandos operativos de las FFA y de la entonces sede de la SSPF en Constituyentes, donde despachaba García Luna.